文獻一： 靶向外顯子測序鑒定腫瘤基因組 SMARCA4 突變特征研究
2020.11 發(fā)表的 131688 例的腫瘤基因組圖譜，該項研究通過靶向外顯子組測序成功鑒定了 SMARCA4 突變的功能特征。SMARCA4 基因編碼的蛋白質是 SWI/SNF 染色質重構復合物的催化單元，具有染色質結合和轉錄共激活因子活性的功能。該基因的重要旁系同源物是 SMARCA2。SMARCA4 的基因突變也與 Coffin-Siris Syndrome4 和 Rhabdoid Tumor Predisposition Syndrome 2 有關。在非小細胞肺癌（NSCLC）患者中 SMARCA4 純合突變非常普遍，也會導致生存率的降低。本項研究通過超大樣本量確定了 SMARCA4 解旋酶結構域內以前未被鑒定的熱點錯義突變，這些突變的功能表征證明明顯降低了重塑活性。SMARCA4 純合錯義突變的患可能受益于 SMARCA2 靶向治療。
文獻二： 外顯子測序鑒定 TARP 綜合征患兒的 RBM10 突變
外顯子組測序在臨床診斷中能夠幫助鑒定致病基因，是診斷患有可疑遺傳疾病的個體的有效工具。一篇關于 TARP 綜合征的患兒 RBM10 突變的 Case report 報告了一名男嬰出生時有多個異常，包括雙側發(fā)育不良的腎臟，腭裂，雙側畸形足，雙側拇指和首一腳趾缺失。然而染色體分析和微陣列在內的產(chǎn)前檢查并未發(fā)現(xiàn)多種先天性異常的原因。為尋找分子診斷進行產(chǎn)后外顯子組測序?；純杭案改赣H的外顯子組測序發(fā)現(xiàn)了未報告過的母體遺傳 RNA 結合基序蛋白 10（RBM10）c.1352_1353delAG（p.E451Vfs * 66）改變。RBM10 中的突變與 TARP 綜合征有關，TARP 綜合征是一種 X 連鎖隱性疾病，具有房間隔缺損、Robin 序列、持續(xù)的左上腔靜脈等表型特征。
外顯子組測序為預后不良的 TARP 綜合征新生兒建立了分子遺傳學診斷，解決了應用傳統(tǒng)的檢測方法無法提供候選突變信息的問題，并且可以為患兒父母提供有效的生育指導。其他報道的 TARP 綜合征病例在臨床表型上顯示出明顯的變異性。先前的患者尚未報道該嬰兒的報道特征拇指發(fā)育不全和首一腳趾發(fā)育不全等，進一步擴充了這種罕見疾病的臨床表型。
以上兩篇文獻是分別是外顯子測序 / 靶向外顯子測序在腫瘤隊列研究與臨床病例上的應用，全外顯子組測序可一次性精準檢測整個基因組中兩萬多個基因的致病突變，比全基因組測序性價比高。靶向外顯子測序可以根據(jù)不同檢測需求定制目標基因的外顯子，針對性更強，測序成本降低，因此性價比上更勝一籌。
上海伯豪生物技術有限公司 DNA 產(chǎn)品線整合了測序和芯片平臺，為客戶提供從基因組測序、全外顯子組測序、目標區(qū)域靶向測序、SNP 芯片和 CNV 芯片等高通量篩選，個性化的生物信息分析，到 MassARRAY 檢測、多重 PCR 測序、Sanger 測序、qPCR 等中低通量驗證的整體一站式服務。經(jīng)過十余年的發(fā)展，累計完成 1600 個科研服務項目，涉及組織、細胞、全血、血清、血漿、FFPE 等各類實驗樣本 3 萬余例，涵蓋腫瘤、遺傳病、復雜疾病、遺傳育種等各個領域，協(xié)助客戶在 Nature、Nat Genet、Nat Med、J Clin Oncol、Leukemia、PNAS、Cell Res 等高水平期刊發(fā)表論文百余篇。
參考文獻：
1、Fernando TM, Piskol R, Bainer R, et al. Functional characterization of SMARCA4 variants identified by targeted exome-sequencing of 131,668 cancer patients. Nat Commun. 2020;11(1):5551. Published 2020 Nov 3. doi:10.1038/s41467-020-19402-8
2、Powis Z, Hart A, Cherny S, et al. Clinical diagnostic exome evaluation for an infant with a lethal disorder: genetic diagnosis of TARP syndrome and expansion of the phenotype in a patient with a newly reported RBM10 alteration. BMC Med Genet. 2017;18(1):60. Published 2017 Jun 2. doi:10.1186/s12881-017-0426-3.
更多伯豪生物人工服務：
