Visium HD 開(kāi)啟了空間探索的新時(shí)代，它通過(guò)單細(xì)胞水平的分辨率增強(qiáng)了成熟的全轉(zhuǎn)錄組空間分析，實(shí)現(xiàn)了連續(xù)的組織覆蓋，并通過(guò)基于探針的創(chuàng)新化學(xué)方法和基于 Visium CytAssist 的工作流程帶來(lái)了一流的數(shù)據(jù)。
無(wú)偏好性的單細(xì)胞分辨率
此次發(fā)布的 VisiumHD 芯片摒棄了以大直徑 55um 的 spot 設(shè)計(jì)，而是采用 2 *2um 的正方形當(dāng)做基礎(chǔ)分析單位，芯片中間沒(méi)有空隙。真正的能夠做到無(wú)間隙，無(wú)偏好性的單細(xì)胞分辨率水平的空間轉(zhuǎn)錄組。目前 HD 芯片發(fā)布捕獲框大小是 6.5*6.5mm 的規(guī)格，可檢測(cè)物種是人和小鼠，兼容石蠟樣本。
▲Visium HD 空間基因表達(dá)玻片包含兩個(gè) 6.5 x 6.5 mm 的捕獲區(qū)
▲Visium HD 空間基因表達(dá)玻片的捕獲區(qū)含有約 1100 萬(wàn)個(gè) 2 x 2 μm 連續(xù)區(qū)塊，實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞水平的空間分辨率。
Visium  | Visium HD  |
搭載 Visium CytAssist 獲得最好的數(shù)據(jù)
Visium HD 將強(qiáng)大的全轉(zhuǎn)錄組空間基因表達(dá)與單細(xì)胞尺度分辨率結(jié)合起來(lái)，來(lái)發(fā)現(xiàn)每一微米組織中獨(dú)特的生物學(xué)特性。同時(shí)啟用 CytAssist 儀器，讓樣本在簡(jiǎn)單的運(yùn)行工作流中獲得最好的數(shù)據(jù)。
▲全轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞分辨率、連續(xù)覆蓋
▲通過(guò) Visium CytAssist 實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)的轉(zhuǎn)錄本定位
▲通過(guò)高分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)來(lái)增強(qiáng) H & E 或 IF 成像后的樣本。
▲從 FFPE 組織塊或載玻片上的組織切片中獲得強(qiáng)大的數(shù)據(jù)
▲兼容 H & E 染色以及 IF 染色 Visium HD 空間基因表達(dá)兼容 H &E 染色以及 IF 染色。
（可在同一組織切片上進(jìn)行高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析）
Visium HD 芯片與基礎(chǔ)芯片技術(shù)比較
| 芯片型號(hào) | Visium | Visium CytAssist | Visium HD |
| 分辨率 | 直徑 55um | 直徑 55um | 2*2um, 全組織覆蓋 |
| 檢測(cè)范圍 | mRNA | mRNA | mRNA |
| 物種 | 全物種 | 人 / 小鼠 | 人 / 小鼠 |
| 組織兼容性 | FF | FF/FFPE | FFPE(后面應(yīng)該會(huì)加入 FF) |
| 捕獲原理 | polyA 尾捕獲 | 探針?lè)ú东@ | 探針?lè)ú东@ |
| 芯片大小 | 6.5 mm× 6.5 mm | 6.5 mm × 6.5 mm 11 mm × 11 mm | 6.5 mm× 6.5 mm |
每微米都蘊(yùn)藏著無(wú)限的探索潛力
這份 FFPE 人類乳腺導(dǎo)管原位癌樣本的 Visium HD 分析構(gòu)建了 一張無(wú)偏的全轉(zhuǎn)錄組圖譜，并鑒定出腫瘤微環(huán)境中的主要 細(xì)胞類型和狀態(tài)。
H&E 染色結(jié)果  | Visium HD 基因表達(dá)數(shù)據(jù)  |
▲自信地繪制血管等小型生物結(jié)構(gòu)中細(xì)胞類型的空間排布。
| 帶有癌癥區(qū)域（黃色）和免疫富集區(qū)域 （青色）的病理學(xué)注釋的 H & E 染色結(jié)果  | Visium HD 基因表達(dá)數(shù)據(jù)  |
▲定位組織駐留細(xì)胞群，包括免疫細(xì)胞或癌細(xì)胞，以發(fā)現(xiàn)它們的相互作用以及對(duì)疾病或治療應(yīng)答的貢獻(xiàn)。
直觀的數(shù)據(jù)探索加速科學(xué)發(fā)現(xiàn)
Visium HD 數(shù)據(jù)是以 2 μm 以及多種拼接尺寸輸出的。上圖中的數(shù)據(jù)是在 8 μm 下可視化的。
- 利用 Space Ranger 的一組分析流程來(lái)處理 Visium HD 空間 基因表達(dá)數(shù)據(jù)以及明場(chǎng)和熒光顯微鏡圖像。
- 利用 Loupe Browser 對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化和探索。
- 利用不斷擴(kuò)大的第三方開(kāi)發(fā)的 R 和 Python 工具生態(tài)系統(tǒng)繼續(xù)對(duì) Visium HD 數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。
數(shù)據(jù)分析：Space Ranger & Loupe Browser
Visium HD 具備一體化的數(shù)據(jù)分析模式，使用 Space Ranger，可自動(dòng)將空間基因表達(dá)信息疊加在組織圖像上，將原始 fastQ 數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)質(zhì)控，比對(duì)，定量等步驟后轉(zhuǎn)為 gene 表達(dá)矩陣，供分析人員進(jìn)行二級(jí)分析。還可以使用 Loupe Browser 進(jìn)一步可視化和探索 Visium HD 的數(shù)據(jù)，同時(shí)兼容 R 和 Python 開(kāi)發(fā)的生態(tài)系統(tǒng)繼續(xù)分析 Visium HD 數(shù)據(jù)。
