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10x Genomics
10x Genomics 公司的 Chromium 系統(tǒng)利用 8 通道的微流體“雙十字”交叉系統(tǒng)，將含 barcode 的凝膠珠（Gel Beads）、細(xì)胞和酶的混合物、油三者混合，形成 GEMs（油包水的微體系）。GEMs 形成后，細(xì)胞裂解，凝膠珠自動溶解釋放大量 barcode 序列，隨后 mRNA 逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生帶有 10x barcode 和 UMI 信息的 cDNA，構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)測序文庫，其中 10X barcode 用于區(qū)分細(xì)胞，UMI 用于區(qū)分 mRNA 分子。
圖 10X genomics 技術(shù)原理
伯豪生物提供：單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序、生信分析整體科研技術(shù)服務(wù)，伯豪生物單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序科研服務(wù)商，24 小時咨詢服務(wù)熱線：021-58955370
1、通量高： 一張芯片具有 8 個獨(dú)立的通道，可供 8 個樣本同時上機(jī)，每個通道可捕獲 10000 個細(xì)胞。
2、捕獲率高： 單細(xì)胞捕獲效率高達(dá) 65%，多細(xì)胞比例 <0.9%（1,000 個細(xì)胞中）。
3、延展性強(qiáng)： 除了獲得單細(xì)胞 mRNA 的信息，還提供了單細(xì)胞 TCR/BCR、單細(xì)胞表面蛋白、單細(xì)胞 ATAC 等多種解決方案。
文庫結(jié)構(gòu)
圖 10X Genomics 3’gene expression 文庫示意圖
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建議測序深度及參數(shù)
指標(biāo) | 參數(shù) |
測序深度 | 50,000~100,000 reads/cell |
測序類型 | PE150 |
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1、類型：新鮮組織，原代細(xì)胞，細(xì)胞系等。
2、來源：血液提取、磁珠富集、流式富集、組織解離等。
3、樣本量及其它質(zhì)控要求：
| 樣本類型 | 樣本質(zhì)控要求 |
| 細(xì)胞懸液 | >105 目標(biāo)細(xì)胞個數(shù)（底限 10,000 個細(xì)胞）； |
| 活率 >80%； | |
| 濃度 500-1,000 個細(xì)胞 /ul； | |
| 細(xì)胞間無粘連（成團(tuán)率 <5%）； | |
| 無大于 40μm 的細(xì)胞碎片或其他顆粒物； | |
| 不存在逆轉(zhuǎn)錄抑制劑和非細(xì)胞的核酸分子。 | |
| 血液 | EDTA 抗凝的全血（不可肝素抗凝），>5ml。 |
| 組織 | 0.3cm×0.3cm（不超過 0.5cm×0.5cm）的新鮮組織，4～5 塊。 |
4、保存運(yùn)輸：
（1）細(xì)胞懸液：建議現(xiàn)場制備，如要運(yùn)輸，建議使用伯豪生物自主研發(fā)的單細(xì)胞保護(hù)液，4°C 運(yùn)輸，48 小時內(nèi)送達(dá)伯豪生物實(shí)驗(yàn)室。
（2）血液：EDTA 抗凝的全血，4°C 運(yùn)輸，2 小時內(nèi)送達(dá)伯豪生物實(shí)驗(yàn)室；或提取 PBMC 后凍存，干冰運(yùn)輸。
（3）組織：建議使用伯豪生物自主研發(fā)的單細(xì)胞組織保護(hù)液，4°C 運(yùn)輸，48 小時內(nèi)送達(dá)伯豪生物實(shí)驗(yàn)室。
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| 序號 | 文件類型 | 查閱 |
| 1 | 【畫冊】單細(xì)胞測序解決方案 | 點(diǎn)擊查看 |
| 2 | 【畫冊】石蠟樣本（FFPE）單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序解決方案 | 點(diǎn)擊查看 |
